Centrum Ekologii i Ekofilozofii skupia kadrę naukową dwóch wydziałów:
Wydziału Biologii i Nauk o Środowisku;
Wydziału Filozofii Chrześcijańskiej.
Istniejące od 2019 roku Centrum dysponuje nowoczesnymi, świetnie wyposażonymi laboratoriami, w tym Laboratorium Bezkręgowców i Roślin, Laboratorium Antropologii Pradziejowej, Laboratorium Ekologii i Ochrony Gleby oraz Laboratorium geologiczno-hydrologiczne i GIS. Do wyżej wymienionych dołączają wciąż nowe laboratoria przyrodnicze
Obok działalności naukowo-dydaktycznej, Centrum, zasilane przez naukowców z UKSW, z Wydziału Biologii i Nauk o Środowisku oraz Filozofii Chrześcijańskiej, a także badaczy z innych wydziałów, prowadzi interdyscyplinarne projekty o charakterze konsultingowym i edukacyjnym.
Centrum Ekologii i Ekofilozofii ma własną stację meteorologiczną na Kampusie Wóycickiego, która monitoruje obecność pyłów zawieszonych PM2.5 oraz PM10. We Wróblach (woj. mazowieckie), działa natomiast ośrodek terenowy Centrum, służący działalności badawczo-naukowej.