KEF prace badawcze koncentruje na filozoficznych aspektach obecności człowieka w środowisku naturalnym. Odwołuje się więc do dorobku szeregu dyscyplin filozoficznych, spośród których na szczególną uwagę zasługują: ontologia, epistemologia i antropologia filozoficzna. Dzięki temu opisuje i analizuje świat człowieka, poznawczą relację człowieka do świata oraz istotę i naturę człowieka. Uwzględnia przy tym dwa paradygmaty poznawcze: proponowany przez Klausa Michaela Meyer-Abicha paradygmat praktycznej filozofii przyrody oraz proponowany przez Konrada Z. Lorenza paradygmat oddolnej antropologii filozoficznej. Z tej racji w KEF prowadzone są prace koncentrujące się na:
- Pytaniach o specyfikę środowiska naturalnego właściwego człowiekowi;
- Pytaniach o specyfikę człowieka w środowisku naturalnym;
- Pytaniach o specyfikę relacji człowieka do środowiska naturalnego.
Znaczącym osiągnięciem naukowym KEF jest działalność na rzecz integracji zarówno krajowego, jak i międzynarodowego środowiska naukowego zaangażowanego w prace badawcze nad kwestią ekologiczną. Integracja ta dokonuje się dzięki organizacji dwóch cykli konferencji naukowych. KEF rokrocznie organizuje ogólnopolskie lub międzynarodowe konferencje z cyklu „Filozofia Zrównoważonego Rozwoju” oraz „Ekologia Humanistyczna”. Równie ważnym czynnikiem integrującym to środowisko naukowe są monografie, stanowiące wynik interdyscyplinarnych badań nad przyczynami, zasięgiem i możliwościami przezwyciężenia kryzysu środowiskowego.
Konferencje z cyklu „Filozofia zrównoważonego rozwoju” zainicjował śp. ks. prof. Józefa M. Dołęga. Stanowiły one pokłosie VI Polskiego Zjazdu Filozoficznego, który odbył się w Toruniu w 1995 roku. Prowadzone wówczas debaty w sekcji ekofilozofii uświadomiły potrzebę rozwijania filozoficznych dociekań z zakresu ochrony środowiska społeczno-przyrodniczego. W ten sposób, od roku 1996 corocznie jesienią, na UKSW organizowana jest konferencja poświęcona zagadnieniom uwzględniającym filozoficzne, antropologiczne, etyczne, edukacyjne oraz polityczno-prawne aspekty zrównoważonego rozwoju.
Konferencje z cyklu „Ekologia Humanistyczna” także zainicjował śp. ks. prof. Józef M. Dołęga. Począwszy od roku 2006 odbywały się one najpierw pod hasłem „Ekologia Społeczna”, a od roku 2017 pod hasłem „Ekologia Humanistyczna”. W przypadku każdej konferencji z tego cyklu szczegółową tematykę określają aktualnie istotne aspekty kryzysu środowiskowego. Przykładowo w roku 2017 była to „Theoria i praxis zrównoważonego rozwoju. 30. lat od ogłoszenia Raportu Brundtland”, w roku 2018 „Las dla człowieka – człowiek dla lasu”, w roku 2019 „The Church towards Ecological Crisis. On the 30th Anniversary of Polish Bishops’ Pastoral Letter on Environmental Protection” oraz „Przyroda wyzwaniem dla kultury. Społeczności lokalne wobec obszarów chronionych” a w roku 2020 „Paradoksy ekologiczne – odpady miarą sukcesu i porażki cywilizowanej ludzkości”.