Instytut Filozofii Geneza Katedry Ekofilozofii (KEF) sięga specjalności „Ekologia Człowieka i Bioetyka”, która zaistniała na Wydziale Filozofii Chrześcijańskiej w Akademii Teologii Katolickiej w roku akademickim 1984/85. Powiązanie ekologii z bioetyką nastąpiło wówczas z dwóch powodów. Pierwszym było dostrzeżenie wspólnego źródła problemów narastających i w ekologii, i w bioetyce. Źródłem tym jest potęgowana zdobyczami naukowo-technicznymi możliwość ingerencji ludzkich zarówno w przyrodę, jak też w biologię samego człowieka. Wzrostowi tych możliwości towarzyszy zaś wzrost i komplikacja nowych, specyficznie ludzkich problemów. Ich rozwiązanie jest niemożliwe bez nowej i pogłębionej refleksji nad koncepcją człowieka, przyrody i relacji człowieka do przyrody. Teoretyczne wyposażenie Wydziału Filozofii Chrześcijańskiej (WFCh) było wówczas predysponowane do prowadzenia takiej refleksji. I to stanowiło drugi powód powstania nowej specjalności. WFCh nie dysponował wprawdzie możliwością prowadzenia empirycznych badań ekologicznych, ani też zapleczem klinicznym dla analiz bioetycznych. Dysponował jednak możliwością teoretycznej refleksji nad podstawami ekologii i bioetyki.
Ważnym etapem na drodze do wyodrębnienia się Katedry Ekofilozofii było powstanie w 2002 r. Instytutu Ekologii i Bioetyki (IEiB). Stworzona dzięki temu możliwość prowadzenia badań empirycznych stanowiła dodatkowe wyzwanie dla humanistycznej refleksji nad szeroko rozumianą kwestią ekologiczną. Zakres badań oraz struktura organizacyjna IEiB odzwierciedlała podejmowany wysiłek równoległego, a nawet komplementarnego, tzn. empirycznego i humanistycznego, ujmowania współczesnej problematyki ekologicznej. W ten sposób zostało wyrażone przekonanie, że zrodzone przez kryzys ekologiczny problemy stanowią wyzwanie nie tylko dla specjalistów z zakresu nauk przyrodniczych i technicznych, ale także dla antropologów, politologów, socjologów, psychologów, prawników, filozofów i teologów.
W ramach badań prowadzonych przez Instytut Ekologii i Bioetyki powołano następnie Katedrę Kulturowych Zachowań Przystosowawczych, która stanowiła swoisty pomost między biologicznie rozumianą ekologią człowieka a filozoficznie rozumianą antropologią ekologiczną. W roku 2017, w wyniku integracji kierunków badań realizowanych przez Sekcję Humanistycznych Podstaw Ochrony Środowiska w IEiB, powstała Katedra Antropologii Środowiskowej, która w roku 2019 po przekształceniu Instytutu Ekologii i Bioetyki w Centrum Ekologii i Ekofilozofii została przemianowana na Katedrę Ekofilozofii.