Instytut Filozofii Problematyka filozoficzna w tekstach Tomasza z Akwinu. Aktualne badania dotyczą problematyki metafizycznej (problematyka aktu istnienia), teoriopoznawczej (zagadnienie intelektu i władz zmysłowych), etycznej (zagadnienie sprawności, cnót i zagadnienie woli), antropologicznej (zagadnienie relacji osobowych, formy substancjalnej)
Średniowieczna filozofia arabska oraz recepcja łacińskiej wersji filozofii arabskiej w XIII i XIV wieku – ciąg dalszy badań zapoczątkowanych w latach osiemdziesiątych ubiegłego wieku przez Prof. M. Gogacza
Koncepcje człowieka w filozofii XIII wieku. Aktualne badania dotyczą antropologii filozoficznej Jana z La Rochelle (odróżnienie istnienia i istoty duszy, koncepcja intelektu i władz duszy) oraz Jana Peckhama (dusza jako forma ciała, prostota i jedność duszy oraz jej relacja do ciała)
Filozofia późnego średniowieczna, w szczególności XIV i XV wieku. Aktualne badania dotyczą filozofii Jana Wersora, Wilhelma Ockhama, Waltera Burleigha, Jana Burydana, Jana Gersona
Historia filozofii polskiej, ze szczególnym uwzględnieniem mistrzów Akademii Krakowskiej (Paweł z Worczyna, Paweł Włodkowic, Stanisław ze Skarbimierza) oraz polskiej filozofii XX wieku
Rozwój i kształtowanie się odmian tomizmu. Aktualne badania dotyczą recepcji myśli Akwinaty w tomizmie XIX i XX wiecznym
Metodologia historii filozofii – kontynuacja badań Prof. M. Gogacza i rozwijanie jego rozumienia historii filozofii w odniesieniu do współczesnych jej ujęć
Zagadnienie szeroko pojętej klasycznej filozofii człowieka, traktowanej jako zespół filozoficznych podstaw etyki, pedagogiki, filozofii społecznej i politycznej oraz ekologii – kontynuacja badań Prof. M. Gogacza z lat dziewięćdziesiątych XX wieku
Nowożytna historia i filozofia nauki